¿Puedo registrar dos comunidades con el mismo CIF?

SI.

Sabemos que hay veces que por alguna razón dos comunidades o subcomunidades, por ejemplo el bloque de viviendas y los garajes comparten a veces el mismo CIF hasta que los propietarios no acuerdan registrar un CIF nuevo en la Agencia tributaria.

FYNKUS no te pone limitaciones.